Estou com um problema. Tenho duas ONUs configuradas em uma OLT, ambas sai pelo gateware e navega na internet mas os clientes nas ONUs nao se enxergam. Tem como configurar para que todos conectados nas ONUs se enxerguem? como fazer isso?

Por padrão, a OLT não faz roteamente ou reencaminhamento (pela mesma interface que chegou) dos pacotes. A OLT (por padrão) é uma bridge, onde todos os pacotes que chegam na interface PON (enviados pelas ONUs), serão encaminhados para a interface Gigabit Ethernet e vice-versa.

É possível você configurar um 'Cross-Connect' entre as ONUs, onde você diz que tudo que chegar em um determinado LLID de uma ONU é para encaminhar para outro LLID de outra ONU. Mas esses pacotes (no caso), não serão mais encaminhados para a interface Gigabit Ethernet.
Essa opção seria interessante para Provedores prestarem o serviços de transporte para um cliente.

Para seu cenário o ideal é que você use um servidor atrás da OLT para fazer roteamento para seus clientes. Por exemplo, se você criar um concentrador PPPoE, (algo muito simples no MikroTik), e seus clientes iriam se enxergar por roteamento, o servidor iria encaminhar os pacotes de uma interface PPPoE para outra.